全基因組關聯分析解析玉米籽粒中油分合成的遺傳結構

Genome-wide association study dissects the genetic architecture of oil biosynthesis in maize kernels.

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研究背景:

玉米籽粒油是一種重要的營養資源。玉米是我國第一大糧食作物。油分是玉米籽粒最重要的營養成分之一,其能量密度和價值顯著高于淀粉。普通玉米中油分含量一般為4%,經過人工不斷選育后的高油玉米材料油分含量可達到20%。但目前在全基因水平上,高油玉米形成的遺傳基礎尚不明確。

研究目的:

在全基因組RNA水平上對玉米籽粒油分的遺傳基礎進行了深入解析。

材料方法:

 

實驗材料:

包括高油玉米在內的368份玉米自交系。

測序方法

Illumina?HiSeq,PE?90,25X。

技術路線:

 

實驗結果:

1.使用RNA-sequencing方法平均每個樣品獲得了73.8±0.7?百萬reads,產生了2,445.9?Gb的高質量測序原始數據。總共獲得了103萬高質量的,?SNPs?和?28,769?基因,覆蓋了約70%?玉米基因組預測基因。SNP的密度大約是每54bp出現一個,每個基因大約有40.3個SNP。總體的LD衰減迅速,在368個玉米自交系中達到了500bp(r2?=?0.1)。

圖1?玉米籽粒油分關聯結果的曼哈頓圖和QQ圖