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讓數據挖掘輕而易舉

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標準化生信分析

百度可以买彩票 www.hhjibw.com.cn 分析平臺集成了一系列生信分析軟件,并將其無縫串聯起來,形成一套標準化的分析流程,在標準分析中您可以根據研究需要自由定義各步驟的主要參數,如參考基因組、差異分組、差異基因篩選標準等。目前百邁客私有云包含了業內常用NGS分析流程,從原始數據開始,只需輕松幾步,即可獲得內容豐富的標準化分析報告,是傳統科技服務模式的替代品。

簡單幾步完成任務投遞
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多樣的個性化功能,助力數據二次挖掘!

個性化分析是在標準分析結果的基礎上,進行更深入的二次挖掘,或者做一些更高級的分析,得到的結果可以直接用于文章發表;目前百邁客私有云包含豐富的個性化分析功能,可以覆蓋用戶大部分個性化分析需求。

個性化分析功能展示:參數設置
個性化分析功能展示:結果展示
個性化分析功能展示:圖片交互
圖片9
個性化分析應用場景舉例:基因篩選

篩選特定功能的基因、篩選差異分組中的基因、篩選組間共有和特有的基因

個性化分析應用場景舉例:共表達分析

WGCNA分析、?k-means聚類

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個性化分析應用場景舉例:蛋白互作網絡分析、轉錄因子分析

分析平臺列表

平臺名稱 類型 功能描述
真核有參轉錄組分析平臺 RNA 基于已知的基因組序列和注釋信息,以RNA-Seq測序數據作為輸入,通過序列比對,進行基因表達定量、可變剪切、差異分析、功能注釋與富集、轉錄本SNP分析等。
真核無參轉錄組分析平臺 RNA RNA-Seq測序數據作為輸入,從頭(de?novo)組裝轉錄本,構建Unigene庫,并對Unigene進行表達定量、差異分析、功能注釋與富集、SSR鑒定、轉錄本SNP分析等。
RNA測序分析平臺 RNA miRNA-Seq測序數據作為輸入,分析內容包含:miRNA鑒定和預測、miRNA家族分析、miRNA表達定量和差異分析、樣品相關性分析、靶基因預測及功能注釋富集分析等。
長鏈非編碼RNA測序分析平臺 RNA 分析內容包含了真核有參轉錄組分析平臺的所有分析內容,且包含其特有分析內容:lncRNA預測、lncRNA靶基因預測、靶基因差異分析等。
全轉錄組聯合分析平臺 RNA 以特定組織在某一時間所轉錄出的編碼RNAmRNA)和非編碼RNA(lncRNA,?circRNA,?miRNA)整體作為研究對象,分析內容包含:不同RNA表達量計算及全局展示、差異表達RNA全局展示、共表達分析、競爭性內源RNAceRNA)分析、關鍵基因通路整合分析等。
有參全長轉錄組(ONT)分析平臺 RNA 該平臺以Oxford?Nanopore轉錄組測序數據作為輸入,基于參考基因組序列進行分析,包含:數據質控、轉錄本結構分析(可變剪切、APA分析、CDS預測、轉錄因子預測等)、轉錄本和基因定量、差異分析、功能注釋與富集分析、蛋白互作分析等。
蛋白質組分析平臺 蛋白 結合高精度質譜儀分析的結果對蛋白質進行定量,分析內容包含:蛋白表達定量及差異分析、功能注釋與富集分析、與mRNA進行聯合分析等。
代謝組分析平臺 代謝 基于色譜質譜等產生的數據,借助于統計學方法研究生物體內代謝物的變化狀況,分析內容包含:代謝物定量及差異分析、OPLS-DA分析、與mRNA進行聯合分析等。
微生物多樣性分析平臺 微生物 可以基于16S、18S、ITS、多種功能基因(AOA、nifH、pmoA等)序列完成微生物多樣性分析,分析內容包含:OUT聚類、物種注釋、Alpha多樣性分析、Beta多樣性分析、組間差異顯著性分析、多元統計分析、16S功能基因預測分析、CCA分析等。
宏基因組分析平臺 微生物 NGS數據作為輸入,數據質控后,基于測序reads進行宏基因組物種注釋;將測序reads組裝成contig序列;預測contig序列中的基因;對所有預測得到的基因去冗余,構建非冗余基因集;對非冗余基因基于多種數據庫進行基因功能注釋;基于宏基因組物種注釋信息和基因功能信息進行差異分析、富集分析等統計比較。
全基因組重測序分析平臺 DNA類 WGS數據作為輸入,分析內容包含:序列比對、SNP/InDel檢測、circos繪圖、功能注釋與富集、引物設計、PCA和進化樹分析等。
全基因組關聯分析平臺 DNA類 以突變檢測結果vcf文件作為輸入,完成以下分析:群體結構、親緣關系、候選基因功能注釋、顯著位點LD?block分析、突變位點引物設計等。
外顯子組測序分析平臺 DNA類 可以完成全外顯子組的突變挖掘,并基于dbSNP利用vqsr模型過濾假陽性突變位點,提高真實突變檢出率,利用ANNOVAR完成1k?Genomes、dbSNP、SIFT、COSMIC70、ESP6500五大數據庫的關聯,同時完成了Polyphen2突變對蛋白功能影響評估。
ChIP-Seq分析平臺 DNA類 染色質免共沉淀技術(Chromatin?Immunoprecipitation?Assay,ChIP)是一種研究蛋白質與生物體細胞中DNA?相互作用的經典方法,本平臺以高通量測序數據作為輸入,通過比對基因組進行Peak?calling,并且可通過對Peak區域關聯基因進行功能注釋和富集分析預測其參與的生物學通路,是研究蛋白質和DNA相互作用的有力工具。
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